С момента поражения «Чёрного восстания» прошёл один год. Остатки «Ордена Чёрных рыцарей» рассеяны по стране и скрываются от Империи. Их лидер Зеро был казнён британскими властями, а жители Сектора-11 подвергаются усиленному угнетению. Основные военные силы Империи Британии переброшены на Европейский фронт, где идёт активная кампания. Для британских граждан, проживающих в Одиннадцатом Секторе, ситуация относительно стабильна. Один британский студент, пропуская занятия, решает сыграть в шахматы

Сериал продолжает события первого сезона. Главный герой Зеро возвращается в Академию после своего исчезновения. Юки, чье прошлое остается невыясненным, испытывает облегчение от его возвращения, но не знает, что произошло с Зеро за время их разлуки. У Зеро сохранились странные видения, возникшие после того, как он выпил кровь Канаме. Для поиска ответов он обращается к Марии Куренай, которая пробудилась от долгого сна. Мария не дает прямых объяснений, но оставляет загадочную подсказку о возможном

Ёрико, ученица старшей школы, заводит дружбу с Канако, одноклассницей, которая производит впечатление общительной и жизнерадостной. Со временем выясняется, что эта дружба связана с чередой мрачных событий. В городе происходит серия убийств школьниц, чьи тела находят расчленёнными и упакованными в коробки. Расследование приводит к Канако, а также к прошлому детектива, занимающегося этим делом. Сютаро Киба, частный детектив, получает заказ от матери одной из пропавших девушек. Он начинает

События OVA происходят после победы команды Сейгаку на Национальном чемпионате. Капитан команды Тэдзука организует совместные тренировки для подготовки к защите титула в следующем сезоне. Основной состав включает Момосиро, Рёму и Кайдо, на которых возлагаются основные надежды команды. Отдельная сюжетная линия посвящена Атобэ Кейго, который два года назад объявил себя королём школы Хётэй Гакуэн во время церемонии открытия. В OVA показана реакция учащихся на это заявление и последующие события,