В Японии футбол вышел из-под контроля Пятого сектора, и местные команды получили возможность снова участвовать в матчах. Для японских игроков организован Международный турнир Футбольного фронтира: Взгляд 2, в котором участвуют сильнейшие сборные мира. Тэмма Мацукадзэ, Такуто Синдо и Кёсукэ Цуруги из команды «Райммон» включены в состав сборной Японии под названием «Инадзума Japan». Тренер набирает в команду восемь дополнительных игроков, которые ранее не имели опыта игры в футбол. Сборной

Микото Мисака, эспер пятого уровня из Академия-Сити, узнает, что её ДНК, взятое в детстве, использовали для создания многочисленных клонов. Эти копии были выращены для эксперимента по созданию эспера шестого уровня. В ходе эксперимента часть клонов погибла, и Микото воспринимала их как своих сестёр. Сюжет второго сезона «Рейлгана» сосредоточен на последствиях этих событий для Микото и её подруги Куроко. Героини сталкиваются с новыми обстоятельствами, связанными с деятельностью научных

Ёто Ёкодэра регулярно представляет себя в сценах непристойного содержания. Однако окружающие не воспринимают его как человека с подобными наклонностями. Причина в том, что Ёто умело скрывает свои мысли за ложью. Он осознаёт, что постоянное враньё требует значительных усилий и создаёт внутреннее напряжение. Ёто узнаёт о статуе кота, которая, по слухам, исполняет желания. Он решает обратиться к ней, надеясь избавиться от необходимости скрывать свои фантазии. По пути к статуе он встречает Цукико