Некий научный Рейлган S

Микото Мисака, эспер пятого уровня из Академия-Сити, узнает, что её ДНК, взятое в детстве, использовали для создания многочисленных клонов. Эти копии были выращены для эксперимента по созданию эспера шестого уровня. В ходе эксперимента часть клонов погибла, и Микото воспринимала их как своих сестёр.

Сюжет второго сезона «Рейлгана» сосредоточен на последствиях этих событий для Микото и её подруги Куроко. Героини сталкиваются с новыми обстоятельствами, связанными с деятельностью научных организаций города. Развитие истории показывает, как персонажи реагируют на раскрытые факты и какие действия предпринимают в ответ на возникшие угрозы.