В научно-фантастическом сюжете группа персонажей, включая Уорнса, Райера и других членов экипажа корабля "Гнездо наблюдателей", покидает Землю с помощью технологии дальнего перемещения, известной как "Проект Исход". Мисаки Курэха, которая участвовала в финальной битве с противником по имени "Гуль", не находится на корабле в момент запуска. На её глазах планета меняется и оказывается окружённой временным барьером. Райер и остальные пытаются найти выход из

Действие разворачивается в будущем, где два измерения, Лакрима и Шангри-Ла, находятся в состоянии войны. Лакрима выступает защитником человечества, тогда как Шангри-Ла стремится уничтожить пространство-время. Для противодействия вторжению группа людей, называемая «Драконьей голгофой», путешествует сквозь время и пространство. Их цель - найти Ожерелье Дракона, единственный предмет, способный остановить угрозу. В современном мире двенадцатилетняя Харука и её друг Ю Гото сталкиваются с Карасом,

Сяоран, Сакура, Куроганэ, Фай и Мокона продолжают путешествие между мирами, цель которого - сбор перьев воспоминаний Сакуры. Каждый новый мир оказывается более опасным и враждебным, чем предыдущий. Герои вынуждены уходить все дальше от родного измерения, сталкиваясь с препятствиями, которые усложняют их задачу. Поиск перьев требует от них не только физической выносливости, но и умения адаптироваться к незнакомым условиям. Сюжет разворачивается непосредственно после событий первого сезона.

События сериала происходят через десять лет после финала аниме «Лиричная волшебница Наноха: Ас». Персонажи, известные по предыдущим частям, теперь работают в «Бюро пространства и времени» на постоянных должностях. Наноха занимает позицию боевого инструктора, Фейт ведет специальные расследования, а Хаятэ является офицером управления. В связи с новой угрозой они вынуждены вновь объединиться для защиты своего мира и параллельных ему реальностей. В сюжет также введены новые персонажи: Субару,