События разворачиваются 1 мая 1945 года в Берлине. Красная Армия поднимает советский флаг над рейхсканцелярией. В это же время группа нацистских офицеров проводит кровавый ритуал. Для них бойня в городе служит ритуальным жертвоприношением, цель которого - вернуть Триннадцатый Орден Копья, группу сверхлюдей, чьё появление должно привести к разрушению мира. Спустя годы никто не знает, достигли ли они своей цели, выжили или погибли. О их существовании известно немногим, и большинство осведомлённых

В начале XXI века магия, ранее считавшаяся фольклором, стала систематизированной технологией и преподается как техническая дисциплина. В Первой старшей школе, учебном заведении для магов, ученики разделены на две группы по результатам вступительных экзаменов: «Цветы» с высокими баллами попадают в первый курс, а «Сорняки» - во второй, как резервные студенты. Сюжет аниме сосредоточен на брате и сестре Тацуе и Миюки Сиба, которые учатся в Первой старшей школе. Миюки, проявив выдающиеся способности

Лойд Форджер - шпион государства Весталис. Ему поручена операция по сбору информации о Доноване Десмонде, влиятельном политике из соседней страны Остании. Десмонд редко появляется на публике, но его дети посещают престижную академию "Эдем". Для получения доступа к этому учебному заведению Лойд создает фиктивную семью: его женой становится Йор, а дочерью - Аня, которая должна поступить в академию. В процессе совместной жизни Лойд начинает испытывать привязанность к своей ненастоящей