Кобато, девушка с наивным характером, отправляется на Землю, чтобы исполнить своё желание. Её задача - помогать людям, исцеляя их душевные переживания, и собирать осколки этих страданий в волшебную бутылочку. Сопровождает её Иорёги, существо с магическими способностями, которое выглядит как синий плюшевый пёс и выполняет роль наставника в мире людей. Прибыв на Землю, Кобато сталкивается с трудностями, так как её знания о людях ограничены информацией из манги. Несмотря на это, она демонстрирует

Канъу и Тёхи спасают девушку по имени Рюби, которую встречают в пути. Рюби утверждает, что она настоящая наследница Гэнтоку, но её имя и фамильный меч были похищены. Вместе с Тёуном и Сёкацурё они сопровождают Рюби в путешествии, цель которого - восстановить её репутацию и вернуть утраченное оружие. Параллельно развивается линия с тремя сёстрами из труппы уличных артисток, которые находят книгу магии, способную создать дополнительные трудности. Сюжет основан на классическом китайском романе