Сатоши и его спутники прибывают в город Ларусс. Там они знакомятся с мальчиком Тоои, который четыре года назад пережил психологическую травму и теперь испытывает страх перед покемонами. Параллельно с этим Деоксис, полностью восстановившийся после предыдущего сражения, атакует регион Хоэнн. Он создает барьер вокруг города и похищает местных жителей. В ответ на действия Деоксиса из озонового слоя Земли спускается покемон Рейкваза. Его появление связано с необходимостью остановить агрессора.

Археологическая экспедиция обнаруживает ранее неизвестную гробницу, принадлежащую египетскому божеству Анубису. После вскрытия захоронения Анубис воскресает из многовекового сна с целью одолеть Фараона. Параллельно завершается турнир Баттл-Сити, организованный Сэто Кайбой для получения карт трёх богов. Победу в турнире одерживает Юги, что делает его известным в широких кругах дуэлянтов. Сэто Кайба узнаёт о существовании у Пегаса карты, способной противостоять трём богам, и немедленно

Королева планеты Ла-Метал, столкнувшись с неизбежной гибелью своего мира из-за замерзания, приказала жителям заменить биологические тела на механические. Это решение позволило населению выжить, однако привело к полной утрате человеческого сознания у всех, кто прошел процедуру. Сама королева, известная как Ла Андромеда Прометия II, превратилась в бездушного робота и начала планировать механизацию всего человечества за пределами своей планеты. Дочери королевы, Мэйтэл и Эмеральда, наблюдая за

Каэдэ Сирануй готовится к вступительным экзаменам, когда её прерывает Синобу, девушка, обучающаяся искусству ниндзя. Для сдачи собственного экзамена Синобу требуется украсть у Каэдэ нижнее бельё. Каэдэ сопротивляется попыткам Синобу выполнить задание, но в ходе противостояния между ними возникает взаимное понимание, перерастающее в дружбу. После этого Каэдэ постепенно втягивается в окружение Синобу, состоящее из практикующих ниндзя. В этом кругу появляется существо по имени Онсокумару, внешне