Такаши Нацумэ сталкивается с ёкаем по имени Мицуми, который просит его помочь пробудить божественного духа Иватэцу от долгого сна. Мицуми применяет магическое воздействие на Нацумэ, чтобы заручиться его содействием. В другом эпизоде к другу Нацумэ, Канамэ Тануме, начинает приходить таинственный посетитель. Этот гость каждый раз ведет короткий разговор и сразу уходит, не раскрывая своей природы. Нацумэ выясняет, что посетитель является ёкаем, и начинает опасаться за безопасность Танумы. Сам

На Земле распространился вирус RR, поразивший всех животных. Заражённые особи превратились в агрессивных монстров, охотящихся на людей. Для защиты человечество начало строительство подземных городов-крепостей. Со временем люди адаптировались к новым условиям и приобрели сверхспособности. Обладателей боевых навыков привлекали в силы защиты. Ло Фэн, имеющий телекинез, стремился стать одним из таких бойцов. Он готовился к вступительным экзаменам, однако внезапная атака монстров изменила его планы.

Главные герои аниме разделились после событий прошлого сезона. Гинтоки занимается исследованием Альтаны, Кагура путешествует по космосу в поисках способа восстановить Садахару, а Шинпачи остается в Эдо, пытаясь сохранить остатки их общего дома. Их пути разошлись, но обстоятельства вынуждают их снова объединиться. Остатки организации Тендошу, ослабленные после атаки Гориллы с использованием бананов, сосредотачиваются у Центрального терминала. Их цель - повторно задействовать Альтану для