Сюжет разворачивается в вымышленном мире, где люди живут в городах-государствах, изолированных друг от друга. Главный герой, молодой человек по имени Кай, работает курьером в одном из таких городов. Его обычная жизнь меняется, когда он получает заказ на доставку загадочного артефакта в отдалённый район за пределами городских стен. В пути на него нападает группа неизвестных, которые пытаются отобрать груз. Кай спасается бегством и обнаруживает, что артефакт реагирует на его прикосновения,

События сериала происходят через десять лет после финала аниме «Лиричная волшебница Наноха: Ас». Персонажи, известные по предыдущим частям, теперь работают в «Бюро пространства и времени» на постоянных должностях. Наноха занимает позицию боевого инструктора, Фейт ведет специальные расследования, а Хаятэ является офицером управления. В связи с новой угрозой они вынуждены вновь объединиться для защиты своего мира и параллельных ему реальностей. В сюжет также введены новые персонажи: Субару,

В 2031 году на Землю вторгаются формы жизни, называемые хардинами. Они размножаются и атакуют население. В ответ человечество создает организацию N.I.D.F., задачей которой становится исследование хардианов и защита от них. Ведущий ученый организации Юно Рукина изучает древние скрижали, содержащие предсказание последней битвы человечества. Она ищет артефакт под названием «Книга мёртвых». Сюжет раскрывает связь артефакта с хардинами и причины их появления. Конфликт развивается вокруг попыток

Действие происходит в Камицумихаре, регионе, где исторически происходили конфликты между демонами и людьми. Четыре богини восстановили порядок, но после их вмешательства остались магические артефакты, которые продолжают быть предметом борьбы. События разворачиваются в период, когда внешне регион выглядит спокойным, однако последствия прошлых сражений проявляются в виде серии странных происшествий. В этом контексте появляются два персонажа - девушка Момока и юноша Тока, которые оказываются в