Главная героиня Лико, родом из региона Пальдея, отправляется в Канто для поступления в Академию Индиго. Её цель - стать тренером покемонов, то есть человеком, который устанавливает связь с этими существами и готовит их к битвам. В качестве первого партнёра Лико получает покемона травяного типа по имени Няходжа, который отличается своенравным характером. Перед отъездом бабушка дарит Лико кулон с необычным узором, который светится. Этот предмет привлекает внимание организации «Исследователи»,

Сюжет второго сезона аниме «Я в тебе не сомневаюсь» продолжает историю группы персонажей, чьи взаимоотношения и цели становятся более сложными. Основное внимание уделяется развитию конфликта, который начался в первом сезоне: главный герой вынужден принимать решения, влияющие на судьбу окружающих. В новых сериях раскрываются детали прошлого ключевых персонажей, что объясняет их мотивацию и поступки в настоящем. События разворачиваются в том же вымышленном мире, но географические и социальные