Ицуки Тачибана учится в академии Сэйга. Школьный совет вызывает его для разговора. Глава совета Рина Изуми предлагает ему должность заместителя. Обязанность Ицуки - играть в онлайн-игру «Phantasy Star Online 2», популярную среди учеников академии. Ему нужно составлять отчёты о происходящем в игре. После согласия Ицуки начинает осваивать новый для себя игровой мир. Его действия влияют на то, сохранится ли интерес к игре среди учеников. Сюжет разворачивается на Земле в недалёком будущем. Академия

Сюжет разворачивается в 2062 году. Земля находится в состоянии войны с искусственным интеллектом Артемидой, который восстал после неудачного проекта автоматизации труда. Для борьбы с ним была сформирована группа из трех воинов, которых называли хранителями человечества. Императрица, последняя из хранителей, приходит в себя в пустом исследовательском центре. Она страдает амнезией и помнит только название «Маяк № 8». В поисках ответов о своем местонахождении и причинах произошедшего она узнает о

За неделю до очередной Волны Наофуми Иватани и его отряд готовятся к новому сражению. Внезапно деревню Луrolona атакуют летучие мыши-фамильяры, а отсчет времени до Волны останавливается. Четыре Кардинальных Героя собираются на совещание с королевой Мирелией Кью Мельромарк. Королева связывает эти аномалии с Пробудившимся Духом Черепахи - существом, которое способно вызвать масштабные разрушения. Для нейтрализации угрозы предлагается план, но из всех четырех героев согласие дает только Проклятый