События сериала происходят через десять лет после финала аниме «Лиричная волшебница Наноха: Ас». Персонажи, известные по предыдущим частям, теперь работают в «Бюро пространства и времени» на постоянных должностях. Наноха занимает позицию боевого инструктора, Фейт ведет специальные расследования, а Хаятэ является офицером управления. В связи с новой угрозой они вынуждены вновь объединиться для защиты своего мира и параллельных ему реальностей. В сюжет также введены новые персонажи: Субару,

В 2031 году на Землю вторгаются формы жизни, называемые хардинами. Они размножаются и атакуют население. В ответ человечество создает организацию N.I.D.F., задачей которой становится исследование хардианов и защита от них. Ведущий ученый организации Юно Рукина изучает древние скрижали, содержащие предсказание последней битвы человечества. Она ищет артефакт под названием «Книга мёртвых». Сюжет раскрывает связь артефакта с хардинами и причины их появления. Конфликт развивается вокруг попыток

Сюжет аниме основан на видеоигре Ayakashi. Аякаси представляют собой паразитическую форму жизни, которая предоставляет своему носителю сверхспособности, но взамен забирает его жизненные силы. Главный герой - студент, утративший мотивацию к существованию после гибели подруги детства. Его встреча с таинственной девочкой по имени Эйму Ёакэ становится поворотным моментом, после которой он начинает подвергаться преследованию со стороны других носителей аякаси. В процессе противостояния у главного

Сюжет разворачивается в городе, где происходят события, не поддающиеся научному объяснению. Для расследования этих аномалий формируется группа, состоящая из людей с особыми способностями. В центре внимания находятся три девушки: Котоно Хаяма, сирота, воспитанная в монастыре; Нацуки Сирафудзи, её одноклассница, работающая поп-идолом; и Мисаки Хидзири, которая испытывает последствия событий из своей прошлой жизни. Существуют силы, стремящиеся к наступлению Судного дня, и те, кто пытается этому