Рин, Юкио и Сиэми получают задание ликвидировать демона, известного как «Призрачный поезд», незадолго до фестиваля, который проводится раз в одиннадцать лет. В ходе операции демон вырывается из-под контроля и своими действиями разрушает часть территории, что приводит к освобождению другого демона, который был заточён длительное время и не имел имени. Освобождение этого существа создаёт дополнительные сложности для группы, так как его происхождение и намерения остаются неизвестными. После

Мирей Курияма - последняя выжившая из клана воинов Мира Духов, обладающих способностью использовать свою кровь в качестве оружия. Её задача - выслеживать и уничтожать ёму, существ, которые считаются проявлением негативных человеческих эмоций. Однажды на школьной крыше она встречает Акихито Канбару, редкого полукровку ёму в человеческом облике. В панике Мирей вонзает в него свой кровавый клинок, но обнаруживает, что он бессмертен. С этого момента между ними возникает вынужденная дружба,

Нацуме Такаси, обладатель Книги Друзей, способен видеть ёкаев и возвращать им имена, записанные в этом артефакте. Его сопровождает Мадара, могущественный дух волка, который обычно принимает облик кота по имени Нянко-сенсей. В отсутствие Нянко-сенсея Нацуме похищает группа ёкаев в масках, похожих на обезьян. Они уносят его в свой лес, так как ищут Книгу Друзей. Нянко-сенсей, обнаружив пропажу, собирает союзников из числа ёкаев, знакомых Нацуме, и организует поиски. Лес, где удерживают Нацуме,

В начале XXI века магия, ранее считавшаяся фольклором, стала систематизированной технологией и преподается как техническая дисциплина. В Первой старшей школе, учебном заведении для магов, ученики разделены на две группы по результатам вступительных экзаменов: «Цветы» с высокими баллами попадают в первый курс, а «Сорняки» - во второй, как резервные студенты. Сюжет аниме сосредоточен на брате и сестре Тацуе и Миюки Сиба, которые учатся в Первой старшей школе. Миюки, проявив выдающиеся способности