Бесплодная пустыня вдали от цивилизации не лучшее место для жизни. Здесь, вдалеке от посторонних глаз, люди совершают выгодные обмены товарами, порой нелегальными, ради того, чтобы выжить. Именно в этом нелицеприятном месте проживает группа девушек, каждая из которых умеет управлять летательными аппаратами. Их называют эскадрильей «Котобуки». Лидер эскадрильи — офицер Рэона, сильная духом и проницательная девушка. Её правая рука — офицер Зара, с которой они вместе координируют действия отряда.

Kei Narutani and his childhood friend, Song Minghua, are Chinese refugees who are fleeing from the Zai, a mysterious organization that indiscriminately terrorizes their country and its people. Fortunately, during their escape to Japan, they are saved by a strange red aircraft. Kei's fascination with this aircraft leads him to meet his savior: a girl who is an "Anima"—the pilot of a unique type of airplane called a "Daughter." The girl goes by Gripen, an adorable JAS-39F