Аруто Кирихара, обычный старшеклассник, интересуется историями об Алисе, созданными в альтернативном мире отшельником Алтернайтом Л. Тахионом. Однажды ночью, работая над собственной версией возможной третьей книги, он замечает девушку, летящую на фоне полной луны. Её облик совпадает с образом Алисы из его воображения. Аруто выходит из дома и следует за фигурой, которая приводит его в библиотеку. Там он наблюдает бой этой девушки с другой, одетой в костюм. Это событие знакомит его с миром Алис -