Ящик предложений Мэдаки: Сверхлюди

Главная героиня истории - Мэдака Куроками, глава студенческого совета академии Хаконива. Она установила ящик для предложений, через который студенты могут оставлять просьбы о помощи круглосуточно. Вместе с членами совета - Зэнкичи Хитоёси, Коки Акунэ и Моганой Кикайдзимой - она решает различные проблемы академии, включая случаи с участием сверхъестественных сил и личные трудности студентов.

Сюжет развивается с появлением новых персонажей и противников. Организация «План Икс» начинает активные действия, отправляя своего агента Мёри Унзэна, лидера комитета общественной нравственности, на confrontation с Мэдакой. Параллельно председатель Хакама Ширануй продолжает попытки установить контроль над Мэдакой и учениками класса 13, что создает дополнительные препятствия для главной героини.