A.I.C.O.: Инкарнация

События разворачиваются в Японии, в 2035 году. В результате эксперимента с искусственными организмами происходит взрыв в исследовательском центре, расположенном в ущелье Куробэ. Один из созданных организмов, получивший название Материя, вырывается наружу и распространяется по территории, делая её опасной для жизни. Правительство вводит запрет на доступ в исследовательский город, который ранее считался перспективным проектом.

Через два года пятнадцатилетняя Айко Татибана, потерявшая семью во время инцидента, узнаёт от нового ученика по имени Юи Кандзаки сведения о том, что произошло на самом деле. Выясняется, что секрет связан с телом самой Айко. Ключ к разгадке находится в Первичной Точке, эпицентре взрыва. Айко, вместе с Юей, выступающим в роли проводника, и командой дайверов, использующих специальные органические костюмы для работы на заражённой территории, отправляется в запретную зону. Цель группы - найти Первичную Точку и установить обстоятельства произошедшего.